Das Schulgebäude in Schönholthausen, der vierte Neubau seit Gründung der Schule im Jahre 1648, wurde 1962 errichtet. Es wurde durch eine überdachte Pausenhalle mit dem Vorgängerbau aus dem Jahre 1930 verbunden. 1996 erfolgte der Anbau eines Mehrzweckraumes mit zwei Umkleideräumen, Toiletten und einem Geräteraum. In dem Mehrzweckraum findet der Sportunterricht statt. Da das Schulgebäude nicht über eine Aula verfügt, finden gemeinsame Feiern und andere Veranstaltungen ebenfalls im Mehrzweckraum statt. An mehreren Nachmittagen in der Woche wird der Raum von örtlichen Turngruppen genutzt.
Im Jahre 2004 wurde die offene Pausenhalle mit einer Glasfront versehen, in deren Mitte sich nun der Haupteingang befindet.
Das Schulgebäude hat vier Klassenräume: Die Klassen 1/2a und b sind im Erdgeschoss untergebracht, die Klassen 3a und 4a im ersten Stock. Ein weiterer großer Raum befindet sich rechts vom Haupteingang in dem ehemaligen Lehrerwohnhaus. Während der Unterrichtszeit wird er als Förderraum genutzt. Nach dem Unterricht erledigen die Kinder, die die Schule von 8 bis 1 besuchen, in dem Raum ihre Hausaufgaben.

Rechts neben dem Schulgebäude befindet sich der Schulgarten mit drei Hochbeeten und einem großen Sandkasten.

Weniger bekannt ist, dass die Grundschule Schönholthausen bei ihrer Einweihung einem Schutzpatron anvertraut wurde, dem hl. Christopherus. Ein Bild dieses Heiligen, wie er das Christuskind sicher durch die Fluten von einem Ufer zum anderen trägt, ist als Mosaik an der Stirnseite des Schulhauses zu finden.